Zanieczyszczenie środowiska przyrodniczego może być spowodowane przez źródła naturalne (np. wulkany) lub antropogeniczne (tj. sztuczne, będące wynikiem działalności człowieka); następuje ono w wyniku niezamierzonej, lecz systematycznej działalności człowieka (antropopresji), polegającej na ciągłej emisji czynników degradujących środowisko, lub też jest następstwem awarii będącej przyczyną nagłego uwolnienia zanieczyszczeń do: atmosfery (np. awaria w elektrowni jądrowej Three Mile Island, USA — 1979, i o wiele groźniejsza w skutkach awaria w Czarnobylskiej Elektrowni Jądrowej na Ukrainie — 1986), wód (np. zanieczyszczenie wód Renu w wyniku gaszenia pożaru w zakładach chemicznych Sandoz w Bazylei, awarie zbiornikowców) albo gruntu (np. wycieki paliw płynnych w czasie transportu kolejowego).
Oceny stanu środowiska dokonuje się w odniesieniu do stanu naturalnego (czystego) bez względu na to, czy jego zmiany są spowodowane przez substancje lub oddziaływania, dla których ustalono poziom stężeń (lub natężeń) dopuszczalnych, czy też przez inne czynniki, dla których brak jest takich normatywów (np. zanieczyszczenia mikrobiologiczne lub zapachy w atmosferze). Niekiedy przez zanieczyszczenie środowiska przyrodniczego rozumie się przekroczenie norm jakości środowiska lub dopuszczalnych wskaźników emisji zanieczyszczeń, czyli właściwe wystąpienie niedopuszczalnego poziomu zanieczyszczenia środowiska przyrodniczego, np. czyste powietrze nie zawiera fluoru i jego związków, jakakolwiek więc ich obecność w powietrzu stanowi jego zanieczyszczenie (przepisy prawne zaś określają dopuszczalne zanieczyszczenie tymi substancjami przez podanie wartości dopuszczalnego stężenia związków fluoru w powietrzu — stężenie chwilowe to 30 µg(mikrogramów)/m3, średniodobowe 10 µg/m3 i średnioroczne 1,6 µg/m3).
